Физиологическое действие аммиака обусловлено его местнораздражающим действием: он возбуждает чувствительные окончания нервов верхних дыхательных путей (окончаний тройничного нерва), что стимулирует дыхательный и сосудодвигательный центры мозга и вызывает учащение дыхания и повышение артериального давления. В больших концентрациях может вызывать рефлекторную остановку дыхания.

При приёме внутрь раздражает слизистую оболочку желудка и вызывает рвоту. Активирует мерцательный эпителий дыхательных путей, что способствует отхаркиванию мокро́ты. Оказывает сильное антисептическое действие.

Нашатырный спирт применяют ингаляционно, наружно и внутрь.
Являясь слабым основанием, нашатырный спирт нейтрализует кислоты.

В быту нашатырный спирт применяется при крашении тканей, для выведения пятен с одежды и при очистке посуды, мебели, сантехники, ювелирных украшений, а также для мытья стёкол, хрусталя, зеркал.

Также нашатырный спирт в разбавленном виде применяется для борьбы с вредителями — слизнями.